Η Σχολή άρχισε την λειτουργία της στις 24 Μαΐου 1982 στις εγκαταστάσεις του Στρατοπέδου «ΦΑΚΙΝΟΥ».
Αρχικά αποτέλεσε τμήμα του Κέντρου Ηλεκτρονικών Υπολογιστών Εθνικής Άμυνας (ΚΗΥΕΘΑ) και από τις 2 Δεκεμβρίου 1987 με Υπουργική Απόφαση (Φ 022.4/33/377646/Σ.2176/12 Νοε. 87) συγκροτήθηκε σαν Μονάδα, διοικητικά ανεξάρτητη και ισότιμη με Τάγμα.
Η σχολή είναι διακλαδική και με τον Ν. 2292 από το 1995 υπαγόταν στον Κο ΥΕΘΑ διαμέσου του ΓΕΣ.
Το 1998 δημιουργήθηκε το Σώμα Έρευνας Πληροφορικής (ΣΕΠ) με στόχο την εκμετάλλευση των νέων τεχνολογιών από το Στρατό Ξηράς, ώστε, μέσω αυτών, να δημιουργηθούν πολλαπλασιαστές ισχύος, στρατηγικό πλεονέκτημα και η δυνατότητα κυριαρχίας στο επερχόμενο ψηφιακό πεδίο μάχης. Για το σκοπό αυτό, το ΣΕΠ επανδρώθηκε από μόνιμους και έφεδρους υψηλής τεχνικής κατάρτισης στους αντίστοιχους τομείς. Στα πλαίσια αυτά, τον Οκτώβριο του 1998 ιδρύθηκε η ΣΑΕΠ ως Ειδικό Κέντρο Εκπαιδεύσεως, Σχολή Εξειδικεύσεως και Σχολή Εφαρμογής του ΣΕΠ.
Την 1η Ιανουαρίου 2014 έγινε ενοποίηση των σχολών ΣΑΕΠ και ΣΠΗΥ, με την ονομασία ΣΠΗΥ, η οποία έκτοτε λειτουργεί στις εγκαταστάσεις του στρατοπέδου Ν. ΖΟΡΜΠΑ.
